市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究中心內(nèi)設(shè)機構(gòu)共有11個，分別為辦公室、人事科、計劃財務(wù)科、總務(wù)科、科研科、糧食與油料作物研究所、園藝作物研究所、經(jīng)濟作物研究所、蠶業(yè)技術(shù)研究所、水產(chǎn)畜牧研究所、蔬菜研究所。
（一）辦公室。負責(zé)單位日常運轉(zhuǎn)工作。承擔文電、會務(wù)、調(diào)研、機要保密、政務(wù)公開、檔案、信息、宣傳、績效、信訪及重要文稿起草等工作；牽頭負責(zé)單位內(nèi)部制度建設(shè)和監(jiān)督檢查工作。
（二）人事科。負責(zé)干部人事、機構(gòu)編制、勞動工資、教育培訓(xùn)等工作。
（三）計劃財務(wù)科。負責(zé)財務(wù)、資產(chǎn)管理工作；負責(zé)單位科技發(fā)展規(guī)劃工作。
（四）總務(wù)科。負責(zé)基建、節(jié)能減排、安全保衛(wèi)、環(huán)境衛(wèi)生、農(nóng)機維護等工作。
（五）科研科。負責(zé)科研項目、科研儀器設(shè)施設(shè)備的綜合管理及科技推廣服務(wù)工作。開展生態(tài)農(nóng)業(yè)、休閑農(nóng)業(yè)、信息農(nóng)業(yè)等現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的研究、應(yīng)用與服務(wù)工作，開展農(nóng)業(yè)農(nóng)村發(fā)展中的重大課題研究。
（六）糧食與油料作物研究所。開展糧油作物的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。
（七）經(jīng)濟作物研究所。開展木薯、甘蔗、茶葉、中藥材等經(jīng)濟作物和食用菌的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。
（八）園藝作物研究所。開展果樹、花卉等園藝作物的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。
（九）蠶業(yè)技術(shù)研究所。負責(zé)協(xié)助制定全市桑蠶行業(yè)發(fā)展規(guī)劃、生產(chǎn)統(tǒng)計等工作；負責(zé)桑蠶基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。
（十）水產(chǎn)畜牧研究所。開展水產(chǎn)、畜牧的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。
（十一）蔬菜研究所。開展蔬菜的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以及相關(guān)農(nóng)產(chǎn)品深加工、生物技術(shù)等領(lǐng)域研究與應(yīng)用推廣。